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微滴式数字聚合酶链反应检测金黄色葡萄球菌和蜡样芽孢杆菌

来源:郑州天顺食品添加剂有限公司 发布时间:2021-09-12 09:37:31 关注: 0 次
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WHO将非洲猪瘟列入小动物病疫。在我国是养殖强国,创建灵巧、精确的临床诊断方式至关重要。橙黄色链球菌和蜡样枯草芽孢菌环境污染精饲料和水资源是造成 病源散播的主要要素。家禽一旦感柒此类病原菌可导致对应的传染性疾病,并在禽畜中不断发展,患病率和感染性均较强。因而,急需解决开发设计一种迅速定量分析检验病原菌的技术性。而微滴式数据聚合酶链反应(dropletdigitalpolymerasechainreaction,ddPCR)无损检测技术是最新的方式方法。

1原材料与方式

1.1试验原材料

规范菌种15株,购自英国典型性塑造物储藏核心(橙黄色链球菌、蜡样枯草芽孢菌、猪霍乱沙门菌、李斯特菌、一般沙门菌、结肠耶尔森菌、大肠埃希菌、克雷伯氏菌、粪肠球菌、沙门菌、单核细胞增长李斯特氏菌、副溶血弧菌、阴沟肠杆菌)和长春海关研究中心储存菌种核心(霍乱弧菌、志贺氏菌)。

2×ddPCR预混液和PCR耗品购自Bio-Rad公司;微滴剖析载入仪(英国Bio-Rad)。

1.2样版制取

对于市面上常用的鸡、鸭、猪、羊等家畜类精饲料等10种商品开展本底试验,每一种平行面3次。

1.3增菌塑造

选用均质器将试品配置开展敲打做成1∶10的试品水溶液。橙黄色链球菌和蜡样枯草芽孢菌依照GB/T23743方式开展;呈阴性菌种增菌。

1.4DNA的获取

取以上塑造的增菌液各1mL均加进1.5mL无菌检测离心管架中,依照基本CTAB(十六烷基三羟基溴化铵)法获取模版DNA。

1.5PCR扩增

橙黄色链球菌的nuc非特异基因序列、蜡样枯草芽孢菌的16s传统基因序列对伺料中橙黄色链球菌和蜡样枯草芽孢菌开展评定。论文参考文献,引物设计的编码序列见表1。将获得以下的化学反应管理体系和增加主要参数:模版DNA5μL,上、中下游引物设计各4μL,探头1μL,2×ddPCR预混液10μL,总容积20μL(见表2,在其中空白试验试验时要双蒸水取代试品DNA,阴性对照试验时要非总体目标原性成份取代试品DNA,阳性对照试验时要橙黄色链球菌和蜡样枯草芽孢菌呈阳性成份DNA)。

内标增加主要参数:模版DNA5μL,上、中下游引物设计及探头各1μL,双蒸水2μL,2×ddPCR预混液10μL,总容积20μL(见表2),退火工艺60℃。


1.6即时莹光定量PCR(qPCR)反映标准的创建

总管理体系20μL,按引物浓度(0.5~1.0μmol/L)、探头浓度值(0.1~0.5μmol/L)、退火工艺(55~60℃)标准提升试验。根据较为Ct域值、莹光接收灵敏度和融解曲线图增加高效率来判断提升結果,并设阴性对照。

1.7ddPCR反映标准的创建

与qPCR反映同样的引物设计和探头开展ddPCR反映,2×Supermixforprobes(withoutdUTP)12.5μL,上、中下游引物设计终浓度值为10μmol/L,探头终浓度值为10μmol/L,模版5μL,ddH2O补充20μL。总容积20μL。将反映液添加微滴转化成卡一排,70μL微滴转化成油添加最终一排,盖紧皮垫,置入微滴转化成仪,微滴反映自动生成。反映情况为:95℃10min;95℃45s,60℃1min,40个循环系统;98℃10min。增加完毕后,将96孔板置入微滴载入仪中开展数据信号载入,并应用手机软件QuantasoftV1.3.2.0分析试验数据信息,得到检验结果显示并剖析。

1.8ddPCR非特异和可重复性试验

以DNA浓度值1×108~1×103copies/μL的10倍系列产品梯度方向稀释液为模版开展ddPCR反映,每一个梯度方向浓度值开设反复3孔,一样的反映标准反复6次,根据RSD分辨该办法的反复性和可靠性。

1.9ddPCR敏感度试验

取含量为1×108copies/μL纯菌液10倍浓度值先后稀释液,开展检验,设定每一个梯度方向浓度值反复3次。

1.10ddPCR本底试验
选用10种普遍精饲料商品开展本底试验,每一种平行面3次。

2結果

2.1非特异试验

ddPCR对获取和制取的橙黄色链球菌和蜡样枯草芽孢菌及15株别的病菌DNA作模版,点评创建ddPCR方式非特异。数据显示,橙黄色链球菌和蜡样枯草芽孢菌均展现呈阳性增加数据信号,每孔微滴产生量平衡(图1,深蓝色是金葡菌,翠绿色是蜡样);而15株别的病菌试验孔均未验出到呈阳性微滴数据信号,均不会有交叉式反映,说明创建的橙黄色链球菌和蜡样枯草芽孢菌ddPCR方式非特异较强。

2.2ddPCR扩增的可重复性试验

以5个浓度梯度的橙黄色链球菌和蜡样枯草芽孢菌DNA为模版开设可重复性试验,每一个浓度值设定3个反复孔,反复6次,测量同组和小组之间相对性标准偏差。数据显示,橙黄色红提菌数据信息結果均值为88copies/μL,SD为6.8,RSD为6.37%(图2a);蜡样枯草芽孢菌数据信息結果均值为233copies/μL,SD为19.7,RSD为2.03%(图2b)。说明ddPCR对其增加平稳,试验数据信息可靠。

2.3ddPCR扩增的敏感度试验

测量橙黄色链球菌和蜡样枯草芽孢菌DNA浓度值,将系列产品10倍梯度方向稀释液(108~103copies/μL),测量ddPCR敏感度。数据显示,创建的ddPCR方式的最少检验極限大概为1×104复制(图3)。说明ddPCR检验方式敏感度较高。

 

2.4ddPCR本底试验

本试验选用10种普遍精饲料商品开展本底试验,每一种平行面3次,开展本底试验,经试验认证均未验出橙黄色链球菌和蜡样枯草芽孢菌。

3探讨

高营养成分精饲料在消毒杀菌不合理等情形下,易生长发育有危害菌,可使精饲料造成内毒素,伤害牧畜生产制造。橙黄色链球菌多见高致病病菌,发病力较强;枯草芽孢菌属中的蜡样枯草芽孢菌非常容易造成食物中毒事件。现阶段qPCR法是食源性病原菌检验的首要方式,此方式依靠Ct值和制做标曲,与此同时试品中缓聚剂都是会危害检验的精确性,結果非常容易发生假阴性。ddPCR检验方式清除了qPCR法的缺点和不够,该办法不用制做标曲,痕量元素水准检验。创建双向ddPCR方式对伺料中橙黄色链球菌和蜡样枯草芽孢菌的检验是根据qPCR技术性基本上发展壮大过来的,并且敏感度高些。

本探讨将qPCR法提升反映系统软件中引物设计和探头浓度值运用于ddPCR法能够增加出总体目标靶标,发觉引物浓度过高和过低增加杂带均不可以显著差别出去,探头浓度值也危害ddPCR法微滴的离散分布,因此最好的引物浓度和探头浓度值配制提升是ddPCR检验結果精确性的首要要素。本试验表明,ddPCR法检验可靠性优良,具备较高的检验敏感度。将创建的检查方式应用到10种普遍精饲料商品开展本底试验中,均未验出橙黄色链球菌和蜡样枯草芽孢菌。创建精饲料中橙黄色链球菌和蜡样枯草芽孢菌的双向ddPCR检验方式 ,针对确保养殖行业发展趋势、维护在我国精饲料安全产品和经济发展权益具备十分关键的实际意义。

申明:文中常用照片、文本来源于《医药学院学报》,著作权归原作全部。

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