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水产品腐败希瓦氏菌冷激蛋白的结构与功能分析(二)

来源:郑州天顺食品添加剂有限公司 发布时间:2021-09-12 09:20:48 关注: 0 次
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2 結果与剖析

2.1 冷激蛋白质遗传基因的复制

根据16S转录组测序結果的对比剖析明确该菌为腐坏希瓦氏菌。以这株海产品腐坏希瓦氏菌的基因DNA为模版,用相对应引物设计对冷激蛋白质遗传基因开展PCR扩增,随后用2%的琼脂糖电泳电泳原理检验PCR扩增物质,結果如图所示1所显示。PCR扩增物质的尺寸在500bp上下,与预计的物质尺寸相符合。将PCR物质送至上海生工转录组测序,并将转录组测序编码序列用ORFFinder软件和Blast剖析。应用ORFFinder软件的结果显示,复制的基因片段都是有详细的开放阅读框(ORF),3个冷激蛋白质遗传基因Csp1589,Csp1376和Csp2252的ORF长短各自为210,210,207bp,起始密码子为ATG,终止密码子为TAA,各自编号69,69,6八个碳水化合物。Blast结果显示,海产品腐坏希瓦氏菌的3个冷激蛋白质遗传基因与腐坏希瓦氏菌方式菌种的3个冷激蛋白质遗传基因的编码序列相似度均达100%,表明冷激蛋白质高宽比传统。

2.2 系统软件产生树的搭建

应用MEGA7.0手机软件搭建腐坏希瓦氏菌和大肠埃希菌的冷激蛋白质的系统软件产生树,結果如图2所显示。海产品腐坏希瓦氏菌的冷激蛋白质遗传基因Csp1589和Csp1376与大肠埃希菌的冷激蛋白质遗传基因CspA聚类算法在同一种群,说明他们相互之间的有较高的相关性和较近的亲缘关系。大肠埃希菌CspA为关键的冷诱发蛋白质,超低温下很多表述。基本推断Csp1589和Csp1376在腐坏希瓦氏菌对超低温威逼的融入中起主导作用。腐坏希瓦氏菌的冷激蛋白质遗传基因Csp2252与大肠埃希菌的冷激蛋白质遗传基因CspD坐落于同一发枝,大肠埃希菌CspD在营养成分欠缺时很多表述并能融合单链DNA,进而抑止性染色体的拷贝,因而腐坏希瓦氏菌的冷激蛋白质遗传基因Csp2252很有可能与细胞生长分裂相关。

2.3 冷激蛋白质的物理化学特性

运用ProtParam预测分析腐坏希瓦氏菌冷激蛋白质的基本上生理学、生物化学特点,結果见表2。预测分析的腐坏希瓦氏菌冷激蛋白质是由68~69个氨基酸残基组成,分子质量在7.4ku上下的小分子水蛋白质,且其带负电的碳水化合物的量超过带正电碳水化合物的量,即酸性氨基酸的量超过碱性氨基酸的量,PI低于7,表明这种蛋白全是酸碱性蛋白,合乎CSPs的特性。蛋白的总均值吸水性为负值,表明测量的蛋白质皆为吸水性蛋白质。由不稳定指数得知,除Csp2252外,蛋白在离体的稳定都不错,在大肠埃希菌身体的药物半衰期超过10h。PSORT预测分析腐坏希瓦氏菌冷激蛋白质皆定坐落于细胞核。TMHMM预测分析数据显示腐坏希瓦氏菌冷激蛋白质均不会有α螺旋式跨膜,是是非非跨膜蛋白。SignalIP预测分析结果显示腐坏希瓦氏菌冷激蛋白质不会有信号肽,不可以代谢到胞外。推断腐坏希瓦氏菌的3个冷激蛋白质均为非代谢型、非跨膜蛋白,冷激蛋白质在腐坏希瓦氏菌细胞核中生成后不开展蛋白质装运,只是保存在细胞基质中充分发挥。

2.4 冷激蛋白质的碳水化合物保守序列及结构域剖析

将腐坏希瓦氏菌冷激蛋白质的氨基酸序列递交至CDservice,检验数据显示:腐坏希瓦氏菌的冷激蛋白质Csp1589、Csp1376和Csp2252都具备DNA融合结构域和RNA融合基序,且同归属于类S1总科。类S1总科是一类包括与核糖体蛋白S1的RNA融合结构域类似的结构域的蛋白质合辑。这类构造最开始在S1核糖体蛋白中被发觉,现阶段已在多种多样RNA有关蛋白质中被发觉

SMART预测分析结果显示:腐坏希瓦氏菌的3个冷激蛋白质都包括冷休克结构域(Coldshockdomain,CSD),冷休克结构域归属于类S1总科这一超级家族,且其从原核生物到高真核生物高宽比传统,具备RNA分子伴侣作用。包括冷休克结构域的蛋白质能够参加多种多样体细胞生理学生物化学全过程,包含对较低温度的融入、营养成分威逼、细胞生长和发育阶段等。除此之外,由图3得知腐坏希瓦氏菌的冷激蛋白质Csp1589和Csp1376归属于传统蛋白质结构域大家族CspC,是冷诱发蛋白质,因而推断Csp1589和Csp1376与病菌对较低温度的适应能力相关;而腐坏希瓦氏菌Csp2252不属于CspC大家族,其很有可能参加其他的体细胞全过程,这一結果与所述系统软件产生树的結果一致。

申明:文中常用照片、文本来源于《中国食品学报》,著作权归原作全部。

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